改革开放以来，新疆的经济发展取得了很大成绩，但与此同时，发展中存在的问题也日益突出。

 新疆经济在宏观上保持了较快增长的同时，在经济结构上也逐渐趋于优化。第一产业增长速度明显放缓，而二三产业速度则比较快，表明新疆工业化快速推进，同时经济发展的效益得到了提高。 二三产业在总产值中的比重不断增加表明新疆经济正在走向高效率高附加值的产业发展道路。

 新疆产业结构由低级形态向高级形态演进缓慢，尽管在工业比重上追上了全国，但在工业内部结构上仍有很大的差距。新疆工业主要以初级能源开采和基础原材料供应为主由央企投资兴建的重工业基地主要进行自然资源开采和初加工，深加工产值比重较低，其产业和产品结构尚需改善。轻工业虽然在产业结构、技术结构、产品档次等方面已发生了显著的改善和提升，但所占比重仍然过低。

 新型工业化相对滞后。凭着资源优势，新疆工业化在几十年的发展中渐成规模，但其工业结构还是传统型的。轻重工业发展不协调，对资源的依赖性程度比较大，高污染、高耗能的工业仍然是主体。同时，工业信息化程度低，难以推进新兴工业，和高新技术产业以及与此相关的服务业。经济增长方式的粗放和经济结构的老化，对于新疆推进绿色经济、低碳经济和节能经济，以增强可持续发展的动力具有很大的阻碍作用。

 出口结构单一。新疆的出口货物绝大部分是非本地生产，在很大程度上只是把新疆作为一种货物周转地和转运通道，对当地的经济发展并没有起到真正的促进作用；在新疆地区出口结构中，出口的商品基本都是低附加值﹑劳动密集型产品，产业关联性差，对经济的拉动作用极为有限，并没有真正发挥出新疆地区丰富的农业资源优势以及区位优势。

 农业产业化进程慢. 首先新疆农业生产具有一定的盲目性。其次，新疆绿洲分布呈点状或块状，所以农业布局比较分散，难以形成区域化和和专业化的管理。第三，农民文化素质偏低，农村生产力差，无法形成大规模机械化生产，因而，农业缺乏集约化，规模化。最后，农业内部之间和与其他行业之间缺乏交流协作，导致农业无法有效地延长其产业链，农业附加值低，一体化进程难以推进。

 人才匮乏，经济建设离不开人，尤其是高素质的专业人才，新疆地区由于地处偏远，教育事业不发达，尤其是高等教育体系不完善，导致了人才的严重流失。其次，政府及企业对于人才引进的力度不够，缺乏吸引人才的相关政策。这一进一出就造成了现如今新疆地区人才匮乏的困局。

 由此看来新疆的产业结构仍处于相对落后的阶段，经济发展还需要进一步改进和优化。